新しいバージョンをダウンロードしましたら、解凍ソフトにて解凍します。

解凍されたフォルダを開き、すべてのファイルを選択して右クリックを押してコピーします。

今まで使用していたCookManagerが存在するフォルダを開き右クリックを押して貼り付けを押して上書きすれば完了です。
後は今まで通りの起動方法で起動すれば更新されているはずです。
更新されているかを確認するにはCookMangerの起動時に出るスプラッシュ画面の右下のところのバージョンで更新されているかを確認します。

現在バックアップ機能は有しておりません、必要なファイルのみ各自でコピーするなどして手動にてバックアップをお願いします。

コピーすべきファイル又はフォルダ：
Cookフォルダ : このフォルダには料理ファイルが入っています。
Iconフォルダ : このフォルダは任意に追加されたアイコンが入っています。必要に応じてバックアップしてください。
Bookmark.dat : ブックマーク設定したデータが保存されています。必要に応じてバックアップしてください。
CookManager.ini : 各種設定ファイルが保存されています。
RSS.dat : RSSの設定値が入っています。必要に応じてバックアップしてください。